Chipiona tiene sus orígenes en la Antigüedad, cuando se construyó un faro conocido como Turris Caepionis en la desembocadura del Guadalquivir, atribuido al cónsul romano Quintus Servilius Caepio. Se cree que su nombre deriva de esta construcción. Además, la zona se relaciona con la legendaria tumba de Gerión.

Durante la Edad Media, la tradición cuenta que discípulos de San Agustín llevaron a Chipiona la imagen de la Virgen de Regla, escondida tras la invasión musulmana y redescubierta en el siglo XIV. La villa fue conquistada por Fernando III en 1251 y reconquistada por Alfonso X en 1264. Más tarde, en 1297, pasó a formar parte del Señorío de Sanlúcar y, en 1303, de la Casa de Ponce de León.

En la Edad Moderna, Chipiona recibió en 1477 la Carta Puebla para fomentar su repoblación. En 1755, el maremoto provocado por el Terremoto de Lisboa causó daños importantes en la localidad. Desde entonces, cada 1 de noviembre se celebra una procesión con la imagen del Cristo de las Misericordias para conmemorar el evento.