Vejer ha estado poblada desde principios del Paleolítico y ya estaba fortificada en la Edad del Bronce. De época tartésica y romana se han hallado restos que datan del siglo VII a. C. debajo de las murallas actuales, que se han atribuido a Baesippo. Sin embargo, es posible que esta ciudad estuviera más bien en Barbate, pues el nombre de Vejer podría proceder de Baesarum, ciudad documentada por Plinio como Baesaro o Besaro.
En el año 711, Vejer cayó en manos musulmanas tras la batalla de Guadalete, en la cual los musulmanes, comandados por Táriq ibn Ziyad, derrotaron a Don Rodrigo. La población permaneció bajo dominio árabe durante cinco siglos y medio, denominándose Bashir. De esta época quedan vestigios como la puerta del castillo, del siglo XI, parte de las murallas y el entramado de sus calles.
Vejer volvió a manos cristianas en dos ocasiones. La primera, en 1250, bajo el reinado de Fernando III “El Santo”. Regresó al dominio árabe en junio de 1264, tras una revuelta en la que tomaron por fuerza el castillo. La segunda y definitiva se inició en agosto de 1264, expulsando a los mudéjares, y terminó en 1285. Ese mismo año, Sancho IV concedió a la Orden de Santiago el señorío sobre Vejer para consolidar el territorio de manera más rápida, aunque dicha orden nunca tomó posesión de Vejer.
En 1307, después de una segunda repoblación, pasó a ser señorío de Guzmán el Bueno, que desde 1299 era ya dueño del señorío de las almadrabas de toda la zona del estrecho de Gibraltar. Tras tomar Tarifa, se convirtió también en el defensor del Estrecho, llegando a ser dueño y señor, después del rey, de estas tierras. De él heredarían posteriormente los duques de Medina Sidonia.
Durante los siglos XV y XVI, Vejer estuvo dominada por los Guzmanes y, ya en la Edad Moderna, el pueblo se enfrentó, con Juan Relinque a la cabeza, a los duques de Medina Sidonia por el control de las tierras comunales, las denominadas “Hazas de la Suerte”. Actualmente se trabaja en su reconocimiento como Bien de Interés Cultural y patrimonio inmaterial de la humanidad (UNESCO).
El 21 de octubre de 1805 se produjo la batalla de Trafalgar frente a las costas del cabo de Trafalgar, en Los Caños de Meca, antigua localidad perteneciente a Vejer. Dicha batalla naval está considerada como una de las más importantes del siglo XIX. Enfrentó a las flotas de España y Francia contra la flota británica, la cual era dirigida por el vicealmirante Horatio Nelson, que obtuvo la victoria. Trafalgar Square («plaza de Trafalgar», en español), plaza del centro de Londres, se construyó para conmemorar dicha victoria, con una columna central dando soporte a una estatua del almirante Nelson. La batalla de Trafalgar, seguida de la invasión napoleónica, supuso un precedente decisivo en el hundimiento del imperio español de ultramar.
Durante la Segunda República Española (1931-1939), Vejer de la Frontera llegó a contar con 18 000 habitantes repartidos entre el núcleo urbano y las pedanías, sobre todo Barbate y Zahara de los Atunes. La crisis económica de 1929 dejó sentir sus efectos con un aumento del desempleo en el municipio, asociado a la baja productividad económica y a las malas cosechas. Durante este período histórico se promulgaron diversas reformas, como la Reforma Agraria, que desembocó en intentos de colectivización de tierras, principalmente latifundios, lo que provocó un aumento de la tensión asociada a la división política y social en el municipio.
Al estallar la guerra civil española (1936-1939) se produjeron importantes disturbios, los cuales llevaron a la destitución de la corporación municipal y de los funcionarios de Vejer, así como a detenciones y asesinatos, como el del alcalde Francisco Salgueiro Rodríguez, el concejal Juan Mejías Delgado, el concejal Alfonso Melero Melero, el concejal Francisco Braza Basallote y el alcalde pedáneo de Barbate, Francisco Tato Anglada, entre otros. Asimismo, se destruyó parte del valioso patrimonio cultural y religioso del municipio a través del incendio de la iglesia parroquial, del archivo y de la biblioteca.
El 11 de marzo de 1938 se produjo la segregación de la localidad costera de Barbate, que se convirtió en municipio y pasó a llamarse Barbate de Franco, en alusión al General Francisco Franco, denominación que mantuvo hasta 1998. Tras dicha segregación, Vejer de la Frontera vio mermada su población (10 660 habitantes) y su extensión territorial de 143 km² (incluyendo parte de las Hazas de la Suerte).
Entre 1940 y 1960, el municipio experimentó un ligero crecimiento demográfico asociado a la actividad agrícola vinculada a grandes latifundios. Sin embargo, entre 1960 y 1980 Vejer de la Frontera registró una importante emigración de población joven debido al escaso dinamismo económico de la comarca de La Janda.
En las últimas décadas (1990-2005) la crisis del sector agrícola en Vejer de la Frontera ha dado paso al auge del sector terciario, asociado al sector del turismo y al sector de la construcción.
Precisamente, en los últimos años el escaso dinamismo económico de la comarca de La Janda ha contribuido a favorecer la emigración de población joven del municipio, lo que explica su estancamiento demográfico y el progresivo envejecimiento de la población.
